1984年，云南省人民政府批準建立三江口、海子坪2個省級自然保護區(qū)。1998年，云南省人民政府批準建立朝天馬省級自然保護區(qū)。2003年5月，昭通市人民政府批準成立小巖方、羅漢壩2個市級自然保護區(qū)。2012年2月，云南省人民政府批準同意將海子坪、三江口、朝天馬3個省級自然保護區(qū)和與之相連的小巖方、羅漢壩2個市級自然保護區(qū)合并建立云南烏蒙山省級自然保護區(qū)。2013年12月，經(jīng)國務(wù)院辦公廳批準晉升為國家級自然保護區(qū)。